Désormais séparés et bien loin des enquêtes du bureau des affaires non-classées, Mulder et Scully tentent de mener une vie "normale", chacun de leur côté. Mais un certain Tad O'Malley, un richissime conservateur à la tête d'un site dénonçant les complots gouvernementaux autour de la vie extra-terrestre, va pousser les deux anciens agents du FBI à se retrouver. Le duo ainsi réuni va alors tenter de résoudre une affaire des plus mystérieuses, au sujet d'une personne assurant avoir été enlevée par des extra-terrestres...
Mulder et Scully vont-ils enfin découvrir la vérité ?
